بدأ أول برنامج ماجستير في الإدارة والتوجيه التربوي في العام الجامعي 68/69 أي بعد مضي ستة أعوام على انشاء الجامعة الأردنية، وتولت كلية الآداب أمره آنذاك وكان إنشاؤه تلبيه لحاجة وزارة التربية والتعليم إلى متخصصين في هذا الفرع من فروع المعرفة. ومنذ بدء الدراسات العليا في الجامعة الأردنية تواصل إقرار برامج الدراسات العليا في تخصصات عديدة، من اجل نيل شهادة الدبلوم ودرجتي الماجستير والدكتوراة، من جهة، وتطور الكيان التنظيمي الذي يعنى بالدراسات العليا من جهة أخرى. وفي عام 1971 أنشئت عمادة البحث العلمي والدراسات العليا، وكان الهدف من إنشاء هذه العمادة هو المساهمة في تحقيق أهداف الجامعة الأردنية بصورة عامة، والتي تعنى بصورة خاصة بالعمل على زيادة المعرفة الإنسانية، وترسيخ قاعدة البحث العلمي في الجامعة, وتنمية قدرة طلبة الدراسات العليا في منهج البحث العلمي وأساليبه في الحقول المختلفة، وإعداد متخصصين من مستوى عال لتلبيه حاجات المجتمع، وتوجيه العناية إلى المشكلات ذات الأبعاد المحلية والعربية بغية دراستها، واستمرت هذه العمادة حتى عام 1980 حيث أصبحت عمادة البحث العلمي والدراسات العليا عمادتين أحداهما عمادة الدراسات العليا. وفي الثالث من كانون الأول عام 1984، صدرت الإرادة الملكية السامية بإنشاء كلية الدراسات العليا، وذلك بغية ايلاء الدراسات العليا مزيدا" من الاهتمام، وتولت هذه الكلية اعتبارا" من العام الجامعي 86/87 مسؤولية هذه الدراسات بموجب تعليمات صدرت عن مجلس العمداء بتاريخ 26/10/1986.

تمنح الكلية حالياً الدرجات العلمية التالية:

1- درجة الدكتوراه

2- درجة الماجستير

3- شهادة الاختصاص العالي في الطب وطب الأسنان

 تتطلع الكلية إلى إنشاء البرامج التالية:

ماجستير في الدراسات الاوروبية

ماجستير الاتصال والعلاقات العامة

ماجستير في الإرشاد الأسري

ماجستير في إدارة الأقاليم والبلديات على منهج اللامركزية

ماجستير في إدارة الكوارث

دكتوراه في الإدارة العامة

دكتوراه في التفسير وعلوم القرآن

ماجستير في دراسات القيادة الدولية

ماجستير في تقويم الاسنان